SCENARIO DELLE ASSOCIAZIONI TRA DNA VIRALE E TUMORI MALIGNI UMANI: ANALISI DI 3775 CASI UTILIZZANDO RNA-SEQ

Anche se è necessaria ulteriore validazione per tipo specifico di tumore, RNA-Seq è risultata utile nel rilevare il DNA virale associato al cancro e per identificare i siti di integrazione virale che possono svelare nuovi meccanismi di patogenesi tumorale. L’identificazione di associazioni tra tumori e DNA virale in molti tipi di cancro ha migliorato le nostre conoscenze sui meccanismi fondamentali di oncogenesi e fornito le basi per iniziative di prevenzione del tumore. Il nuovo strumento RNA-Seq permette di valutare globalmente queste associazioni. I ricercatori della University of Texas, MD Anderson Cancer Center di Houston, hanno introdotto i dati di RNA-Seq di 3775 tumori maligni nel database del Cancer Genome Atlas per determinare la presenza di sequenze virali. I siti di integrazione virale sono stati identificati nei transcritti espressi, utilizzando un approccio innovativo. La capacità di rilevamento dello strumento RNA-Seq è stata comparata con i dati clinici di laboratorio disponibili. I transcritti di papillomavirus umano (HPV) sono stati rilevati utilizzando l’analisi RNA-Seq in carcinoma di testa e collo a cellule squamose, carcinoma uterino endometrioide e carcinoma polmonare a cellule squamose. Il rilevamento di HPV con RNA-Seq correlava con quello ottenuto con ibridizzazione in situ e immunoistochimica nei carcinomi a cellule squamose di testa e collo. Lo studio pubblicato sulla rivista Journal of Virology (leggi abstract) ha inoltre evidenziato la presenza di virus dell’epatite B (HBV) e di Epstein-Barr (EBV), utilizzando RNA-Seq, rispettivamente nel carcinoma epatico e nei tumori gastrici. Siti di integrazione di geni virali e di oncogeni sono stati identificati in tumori che si sviluppano in seguito a infezione da HPV o HBV, ma non nel carcinoma gastrico EBV-positivo. Siti di integrazione di transcritti virali espressi coinvolgono frequentemente aree conosciute di codifica del genoma ospite. Nessun transcritto di DNA virale è stato identificato nella leucemia mieloide acuta, nel melanoma cutaneo, in gliomi cerebrali di basso e alto grado e negli adenocarcinomi di mammella, colon e retto, polmone, prostata, ovaio, rene e tiroide. In conclusione, questo studio offre un’ampia panoramica dei virus a DNA coinvolti nello sviluppo di tumori maligni dell’uomo. Ma, mentre è necessaria l’ulteriore validazione per specifici tipi di tumore, i risultati sottolineano l’utilità di RNA-Seq nel rilevare i virus a DNA associati a tumori e nell’identificare i siti di integrazione virale che possono rivelare nuovi meccanismi di patogenesi tumorale.